Bonjour, pour ta panne je pencherais pour le régulateur de tension qui est intégré à l'alternateur il faudrait que tu relève sur les bornes de ta batterie moteur les choses suivantes:
-moteur arrêté: entre 12,5V et 12,8v
-moteur au ralenti depuis 1minutes: entre 13,8 et 14,2V
-moteur à un régime de 2000Tr/min: entre 13,8 et 14,2V
Pour ton problème c'est délicat car je pense que c'est une panne intermittente du régulateur de tension donc tu aura peut-être les bonnes valeurs la majorité du temps mais à des moments ça déconne

Tu peut commencer à allez dans un garage revendeur de pièce auto style AD, leur demander si il on un banc de test pour les alternateurs (je sait que à l'époque ils étaient équipé mais de nos jours on change sans réfléchir). Tu peut leur demander si il détaille le régulateur de tension qui est intégré dans l'alternateur. Mais j'ai bien peur qu'il ne le fasse pas et qu'il te propose un échange standard complet de l'alternateur. Un alternateur coute environ 400€ alors qu'un régulateur de tension c'est même pas 40€ (C'est pour ça que pour mes poids lourds quand je change les alternateurs ou les démarreurs, car bien souvent il ne détaille pas les régulateurs ou les ponts de diode, je me fait un malin plaisir de bien les achever car eux il change parfois juste le régul ça leur coute 40€ et il se font plein de tune sur mon dos)

Pour ton relais qui fait clic clic sous le siège c 'est normal car quand ton alternateur déconne il croit que le moteur est éteint et du coup il désacouple les batteries AUX. Ce relais à un fonctionnement simple: il s'ouvre quand il voit que la batterie moteur est en dessous de 12,9V. Ca permet de pouvoir encore démarrer après avoir vidé les batteries AUX. Si il ne s’ouvrirait pas les équipements pomperais aussi sur la batterie moteur.

Pour ce qui est de ton retour de 3H tu dit "que tu à pu rouler sans problème" c'est normal un véhicule diesel na pas besoin d'alternateur pour tourner. A partir du moment que tu ne mets pas les phares, le frigo, le dégivrage.... l'alternateur permet juste de recharger les batteries après un démarrage. Donc que ton alternateur fonctionne ou pas bien, pas de problème pour rouler jusqu'aux jours ou ta batterie est vraiment à plat et tu pourra plus démarrer.

A vérifier quand même mais je crois que ce n'est pas le cas pour toi car ton voyant s'allume et en plus je ne suis pas sur que ce soit le cas pour le calif. Mais bon c'est bon à savoir:
L alternateur "sort de sa veille" par 2 moyens:
1)le fait de mettre et de tourner la clé dans le Nieman (juste le contact sans démarrer) vient "allumer" la lampe batterie au niveau du tableau de bord. Le courant qui circule passe dans le régulateur et le sort de sa veille.
=> Cela signifie qu'une lampe de tableau de bord HS ne mettra pas en route électriquement l'alternateur
2)à 6000trs alternateur (environ 2000trs moteur), il s'autoamorce. Ça veut dire qu'il tourne suffisamment vite pour que le rotor (magnétisé) crée un champ magnétique suffisant pour lancer le réveil du régulateur
Donc vérifie que le voyant batterie S'ALLUME bien quand tu mets juste le contact.

Pour tes batteries AUX elle ne sont peut-être pas HS mais juste bien déchargé car ton alternateur avec son fonctionnement aléatoire ne permet peut-être pas de bien les maintenir en vie. A ta place je brancherais le calif sur le 220v pendant 1 jour tu attend 2 OU 3 jours et tu le rebranche à nouveau pendant 1 jour. Bon à savoir aussi sur les modèles de calif à partir de 2011 (je crois à confirmer) quand on branche sur le 220V les 2 batteries AUX et aussi celle du moteur sont rechargées. Pour les modèles antérieur uniquement les 2 batteries aux sont rechargées.
Et autre chose qu'il est bon de savoir aussi, quand les batteries sont beaucoup déchargées et que l'on branche le calif au 220V il arrive qu' au bout d'une heure le chargeur de batterie coupe (surchauffe). Du coup on croit que ça charge mais ça fait rien (il faut bien contrôler sur l'afficheur que l'on est en mode branché et qu'il y ai marqué un ampérage). Pour refaire partir le chargeur il faut débrancher le 220V attendre 10min et rebrancher. Renouveler l'opération plusieurs fois si ça recoupe.

En tous cas à ta place je ne tarderais pas à solutionner le problème d'alternateur, car si tes 3 batteries ne sont pas chargées correctement tu va les mettre en décharge profonde elle vont s'abimer et poubelle pour les 3 (a plus de 150€ la batterie ça fait mal en plus d'un alternateur).
Une batterie doit toujours être chargé au maximum pour ne pas qu'elle vieillisse.

Tiens nous au courant de l'avancer de tes réparations. Ca fait toujours plaisir d'avoir un petit retour.